Urodził się w 1973 roku w Krakowie. Jest absolwentem politologii na Uniwersytecie Jagiellońskim oraz Seminarium dla Młodych Polityków i Politologów w Instytucie Roberta Schumana w Budapeszcie. Studiował w Amerykańskim Instytucie Systemów Politycznych i Ekonomicznych Fundacji Studiów Amerykańskich i Georgetown University. Jest profesorem nadzwyczajnym w Katedrze Współczesnych Systemów Politycznych Instytutu Nauk Politycznych i Stosunków Międzynarodowych UJ. Wykładał na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie, Wyższej Szkole Europejskiej im. ks. Józefa Tischnera w Krakowie, Wyższej Szkole Biznesu w Nowym Sączu oraz Akademii Ignatianum w Krakowie.

Specjalizuje się w polityce zagranicznej, integracji europejskiej i administracji publicznej. Od 2007 do 2008 r. był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Spraw Zagranicznych, a potem w Urzędzie Komitetu Integracji Europejskiej. Od 2010 pracował w Parlamencie Europejskim dla frakcji Europejskich Konserwatystów i Reformatorów. W latach 2009-2010 był członkiem Rady Służby Cywilnej. Należał do współzałożycieli Ruchu Społecznego im. Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. Był posłem na Sejm VII kadencji z ramienia Prawa i Sprawiedliwości. Od stycznia 2015 roku pełnił obowiązki przedstawiciela polskiego parlamentu w Zgromadzeniu Parlamentarnym Rady Europy (jako wiceprzewodniczący polskiej delegacji parlamentarnej). 7 sierpnia 2015 został powołany przez prezydenta Andrzeja Dudę na stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta RP. Od kwietnia 2017 roku szef gabinetu prezydenta, pełnił tą funkcję do 4 stycznia 2021, kiedy to otrzymał nominację na pełnomocnika do spraw utworzenia Biura Polityki Międzynarodowej Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej. 15 kwietnia tego samego roku został powołany na stanowisko szefa Biura Polityki Międzynarodowej Kancelarii Prezydenta RP, a 8 czerwca 2021 został mianowany przez prezydenta stałym przedstawicielem RP przy Organizacji Narodów Zjednoczonych w Nowym Jorku. W związku z nominacją ambasadorską 13 lipca 2021 zakończył pełnienie funkcji w Kancelarii Prezydenta RP. Stanowisko w Nowym Jorku objął 18 sierpnia 2021. W ramach działalności w ONZ został wiceprzewodniczącym biura rady zarządzającej Funduszu Narodów Zjednoczonych na rzecz Dzieci oraz przewodniczącym Komisji Rozwoju Społecznego ONZ.

Krzysztof Szczerski jest autorem wielu publikacji zarówno naukowych jak i publicystycznych. Jest też współautorem i autorem książek, które ukazały się nakładem wydawnictwa Biały Kruk: „Oburzeni”, „Kazania Sejmowe” (wstęp), „Dialogi o naprawie Rzeczypospolitej”, „Polskość jest przywilejem”, „Utopia Europejska. Kryzys integracji i polska inicjatywa naprawy”.